安徽中醫(yī)藥大學(xué)創(chuàng)建于1959年，其前身為1952年創(chuàng)立的安徽省中醫(yī)進(jìn)修班(學(xué)校)。1959年，安徽省政府正式批準(zhǔn)成立安徽中醫(yī)學(xué)院，郭沫若先生題寫校名。1970年，安徽中醫(yī)學(xué)院并入安徽醫(yī)學(xué)院。1975年，國家教育部批準(zhǔn)恢復(fù)安徽中醫(yī)學(xué)院。2000年，安徽省醫(yī)藥學(xué)校并入安徽中醫(yī)學(xué)院。2011年，省政府批準(zhǔn)在安徽中醫(yī)學(xué)院的基礎(chǔ)上組建成立安徽省中醫(yī)藥科學(xué)院。2013年，教育部同意安徽中醫(yī)學(xué)院更名為安徽中醫(yī)藥大學(xué)。

學(xué)校是國家中醫(yī)臨床研究基地、國家中藥現(xiàn)代化科技產(chǎn)業(yè)(安徽)基地、國家中醫(yī)藥國際合作基地、國家藥品臨床研究基地、碩士研究生推薦免試單位。2005年以良好成績通過國家教育部本科教學(xué)工作水評(píng)估，2009年學(xué)校以優(yōu)異成績通過國家教育部中醫(yī)學(xué)專業(yè)試點(diǎn)認(rèn)證。少荃湖新校區(qū)建設(shè)被列入安徽省“861”計(jì)劃，2013年上半年一期工程竣工并投入使用。

學(xué)校現(xiàn)占地總面積1171畝，有梅山路、史河路、少荃湖三個(gè)校區(qū)。東校區(qū)坐落于合肥市梅山路103號(hào)，西校區(qū)坐落于合肥市史河路45號(hào)，少荃湖校區(qū)坐落于前江路。教學(xué)科研儀器設(shè)備總值13872萬元。圖書館藏書175萬冊(其中紙質(zhì)圖書94.32萬冊)，古籍部珍藏古籍線裝書3.3萬冊，是“全國古籍重點(diǎn)保護(hù)單位”。中藥標(biāo)本中心儲(chǔ)藏了11萬份藥用植物臘葉標(biāo)本，是全國醫(yī)藥院校珍藏標(biāo)本最豐富的標(biāo)本館。新安醫(yī)學(xué)文化中心是安徽省中醫(yī)藥文化宣傳教育基地。

學(xué)校現(xiàn)有全日制在校生13205人(其中博士生、碩士生1059人)。現(xiàn)有13個(gè)二級(jí)學(xué)院(部)、3所直屬附屬醫(yī)院、4所非直屬附屬醫(yī)院。現(xiàn)有教職工2500多人(含兩所附院)，其中副高以上職稱人員500余人。國醫(yī)大師1人，安徽省高校領(lǐng)軍人才5人，博士生導(dǎo)師22人，碩士生導(dǎo)師333人;享受國務(wù)院特殊津貼23人、省政府特殊津貼8人;安徽省學(xué)術(shù)與技術(shù)帶頭人、后備人才25人;國家名老中醫(yī)學(xué)術(shù)經(jīng)驗(yàn)項(xiàng)目指導(dǎo)老師26人。有來自國內(nèi)外的56名知名專家學(xué)者擔(dān)任我校客座教授。

學(xué)校現(xiàn)有23個(gè)本科專業(yè)(其中國家教育部高等學(xué)校專業(yè)5個(gè)，19個(gè)專業(yè)列入一本招生)，有2個(gè)一級(jí)學(xué)科博士學(xué)位授予點(diǎn)，4個(gè)一級(jí)學(xué)科碩士學(xué)位授予點(diǎn)、25個(gè)二級(jí)學(xué)科碩士學(xué)位授予點(diǎn)、4個(gè)碩士專業(yè)學(xué)位授權(quán)點(diǎn)。有安徽省學(xué)科建設(shè)重大項(xiàng)目2個(gè)、國家中醫(yī)藥管理局重點(diǎn)學(xué)科17個(gè)，省級(jí)B類重點(diǎn)學(xué)科11個(gè)，7個(gè)衛(wèi)生部國家臨床重點(diǎn)專科，21個(gè)國家中醫(yī)藥管理局重點(diǎn)建設(shè)專科、23個(gè)安徽省中醫(yī)藥重點(diǎn)專科。