廈門醫學院現有臨床醫學系、口腔醫學系、護理系、藥學系、醫學技術系、基礎醫學部、公共教學部、思政教研部、繼續教育部等9個教學機構，設有圖書館、科學實驗中心和現代教育信息中心等3個教學輔助機構，擁有附屬第二醫院（三甲綜合性醫院）、附屬口腔醫院（三級專科醫院）等2所直屬附屬醫院。已設臨床醫學、口腔醫學、護理學、藥學、中藥學、生物制藥等6個本科專業和20個專科專業，2018年擬增設精神醫學、康復治療學、海洋藥學、醫學檢驗技術等4個本科專業，在校生5000余人。

師資隊伍水全面提升。現有教職醫護員工2254人（含直屬附屬醫院），專任教師293人，其中，教授30人，副教授64人，占專任教師總數的32.1%；擁有博士學位的86人，碩士學位的155人，碩士學位以上占專任教師總數的82.3%；“雙師型”教師148人，占50.5%；兼職教師83人。學校共有國務院政府特殊津貼、新世紀百千萬人才工程國家級人選、教育部新世紀優秀人才、教育部省部共建重點實驗室主任、國家中醫藥管理局學科帶頭人、全國“三八紅旗手”、全國師德標兵、省“雙百計劃”人才、福建省杰出科技人才、福建省百千萬工程領軍人才、福建省五一勞動獎章1人，省百千萬人才1人，省級教學名師3人，省級專業帶頭人2人，省高校“新世紀優秀人才支持計劃人才”2人，省高校杰出青年科研人才8人，廈門市臺灣特聘專家1人、臺灣特聘專才4人。

專業建設扎實推進。學校榮獲國家級、省市級多項重點建設專業或專業、示范點及課程等，其中國家級包括中央財政支持建設專業2個，中央財政支持實訓基地3個，全國健康服務類示范點1個，全國養老服務類示范點1個，國家行指委教學成果獎2項。省級包括服務產業專業1個，精品專業1個，示范專業7個，實驗教學示范中心3個，虛擬仿真實驗教學中心1個，精品課程9門，精品在線開放課程2門，精品資源共享課3門，教學成果獎2項，財政支持實訓基地2個，生產性實訓基地2個。市級包括重點專業2個。

科研能力加速發展。學校現有廳級科研臺4個，市級科研臺2個，校級科研臺5個。五年來，學校承擔科技類立項93項，其中國家自然基金3項，省部級9項，市廳級81項；橫向課題23項；社科類立項市廳級以上62項，其中省部級5項。獲省科技進步三等獎2項，市科技進步三等獎4項；授權專利60項；授權著作權41項，轉讓科技成果4項；發表科技類論文316篇，其中SCI收錄70篇；社科類論文160篇；獲省高等學校應用技術工程中心2個，省開發研究室1個，省本科高校重點實驗室1個，市級重點實驗室2個。

醫教協同不斷深化。學校除直屬附屬醫院外，還擁有廈門市仙岳醫院（三級甲等）、泉州市兒童醫院（三級專科醫院）2所非直屬附屬醫院，擁有11所教學醫院和170多個校外實訓基地。

人才培養質量穩步提高。畢業生當年就業率連續六年保持在99%以上。2017年，在校生參加全國、省市各類技能比賽獲獎勵24項；畢業生參加臨床、口腔、護理3類國家執業資格考試的一次性通過率均列全國領先。

對外合作交流卓有成效。學校與臺灣陽明大學、臺北護理健康大學、臺北醫學大學、臺灣慈濟科技大學、臺灣輔英科技大學、臺灣嘉南藥理大學、臺灣中臺科技大學、韓國金泉大學等院校建立了友好合作關系，開展合作辦學、互派學者、學生交流、合作研究等方面的交流。

，新征程，廈門醫學院將圍繞“一”個總目標，即建設成一所立足廈門、服務地方、鮮明、區域一流的應用型本科高校；全力迎接2020年首屆臨床醫學本科生的執業醫師考試和2021年本科教學合格評估“兩”個大考；全力做好黨建、業務（教學、科研、醫療）和安全穩定“三”項重點工作；培養對國家盡忠、對父母盡孝、對單位盡責、對病人盡心的“四盡”人才；實現學校黨建強起來、車頭帶起來、人心聚起來、士氣鼓起來、水提起來“五個起來”的內涵發展。