南京中醫藥大學開設的專業有傷寒學、中醫診斷學、臨床中藥學、中西醫結合基礎 、中醫痹病學、中醫腫瘤學、中醫骨傷科學、中醫耳鼻喉科學、中醫養生學等，具體完整專業請看下表。

南京中醫藥大學專業一覽表

南京中醫藥大學重點專業名單

國家級專業（5個）：中醫學、中藥學、針灸推拿學、中藥資源與開發、護理學。

世界一流學科建設學科（1個）：中藥學。

國家重點學科（3個）：中藥學、中醫醫史文獻、中醫兒科學。

國家重點（培育）學科（2個）：中醫學、中醫內科學。

國家中醫藥管理局“十一五”重點學科（14個）：方劑學、溫病學、中醫兒科學、中醫婦科學、中醫肝膽病學、針灸學、藥用植物學、中藥藥理學、中藥炮制學、中醫醫史文獻學、中醫護理學、中醫脾胃病學、中醫腎病學、中醫肛腸病學。

國家中醫藥管理局“十二五”重點學科（19個）：傷寒學、中醫診斷學、臨床中藥學、中西醫結合基礎 、中醫痹病學、中醫腫瘤學、中醫骨傷科學、中醫耳鼻喉科學、中醫養生學、推拿學、中藥藥劑學、中藥化學、中藥資源化學、中醫藥信息學、中醫文化學、中醫藥管理學、中醫皮膚病學、中西醫結合臨床、中醫心病學。

江蘇省重點學科（8個）：中醫臨床基礎、方劑學、中醫診斷學、中醫內科學、中醫外科、中醫婦科、針灸推拿學。