生物工程專業課程有高等數學、線性代數、無機化學與化學分析、植物組織培養技術、有機化學、生物化學、化工原理、生化工程、微生物學、細胞生物學、遺傳學、分子生物學、基因工程、細胞工程、蛋白質工程、微生物工程、生物工程下游技術、發酵工程設備、概率論與數理統計、動物生理學、生態學等。

生物工程專業通過學習生物技術及其產業化的科學原理、工藝技術過程和工程設計等基礎理論，掌握生物技術與工程領域的生產管理和新技術的研究、新產品開發的基本技能。

生物工程專業培養德智體美全面發展，適應市場經濟體制和改革開放需要，掌握現代生物工程技術及其產業化科學原理、工藝過程和工程設計等基本理論，基本技能，能在保健品、制藥等領域從事生產、產品技術研究開發、質量檢測和企業管理的高級應用型技術人才。